Hallo Simon,
da die Sache ein wenig schwer zu erklären ist, hoffe ich, dass ich es trotzdem hinkriege.

Im erstem Sinne muss man zuerst mal Sinus und Kosinus verstehen.
Ich habe auf YouTube bei LernTippSammlung mir ein Video dazu angeschaut danach konnte ich es bereits verstehen.
http://youtu.be/kaG9fRu7QJkDies muss man können, sonst kann man in der dekomprimierten *.s Datei nicht die Höhe des Pantographen umändern.
Benötigte Programme:
Ein Textprogramm (in meinem Beispiel Notepad++, es funktioniert genau so mit anderen Textprogrammen)
SFM (ShapeFileManager) zum komprimieren und dekomprimieren
Und einen Taschenrechner

Zuerst muss man die *.s Datei dekomprimieren. Dazu öffnet man zuerst SFM und sucht die gewünschte *.s Datei und dann über die blaugefärbte "Options" -> "Uncompress" wählen.
In der dekomprimierten *.s Datei suchst du nach dem Eintrag "anim_node Pantograph".

Wir benötigen nur den zweiten Eintrag von "tcb_key". Wir brauchen nur die zweite und fünfte Zahleneinträge zu ändern. (grün umrandet)
Wenn du diese Zahlen im Taschenrechner eintippst und in Sinus umwandelst, hast du dein Ergebnis in Grad umgewandelt.
In diesem Beispiel:
Bottom2A 12,50 Grad und 77,50 Grad
Middle2A 23,50 Grad und 66,50 Grad
Top2A 11,50 Grad und 78,50 Grad
Bottom2B 15 Grad und 75 Grad
Diese müssen zusammen gerechnet immer 90 Grad ergeben.
Die Pantographen niedriger zu stellen, musst du um ein Grad verringern. Der erste Grad geht nach unten, der Zweite nach oben, Ausgleich 90 Grad.
Die Pantographen höher zu erstellen, musst du um ein Grad erhöhen. Der erste Grad geht nach oben, der Zweite nach unten, Ausgleich 90 Grad.
Den Sinus auf 6 Stellen berechnen eintragen, Plus und Minus so lassen, wie sie beim Öffnen der *.s Datei waren.
Abspeichern, komprimieren und dann im MSTS testen.
Vorher sollte man die Original *.s Datei sichern, falls etwas schief gehen sollte.

Wenn die Pantograph-Höhe nicht passt, muss man sich damit eben ein bisschen herumspielen, dann hat man den Dreh raus und dann hat man auch, wenn man auch so will, die Lokomotiven für die verschiedenensten Strecken fahrbereit.

Für Schäden an Oberleitungen oder andere möglichen Schäden bin ich nicht verantwortlich.

Mit freundlichen Grüßen
DarkFox